Different expression of [béta] subunits of the KCa1.1 channel by invasive and non-invasive human fibroblast-like synoviocytes

K

Мультидисциплінарний підхід до хірургічного лікування феохромоцитоми наднирників

Мета. Оцінити результати застосування мультидисциплінарного підходу в лікуванні феохромоцитоми наднирників. Матеріали і методи. Для аналізу ефективності схеми періопераційного лікування проспективно та ретроспективно досліджено результати лапароскопічної адреналектомії (ЛА), виконаної з приводу феохромоцитоми у 31 хворого за період з 2015 по 2017 р. Пацієнтів розподілили на дві групи: 1-ша - 15 хворих, яким періопераційне лікування проводили із застосуванням мультидисциплінарного підходу, 2-га - 16 пацієнтів, яким виконали тільки ЛА. Аналізували середню тривалість оперативного втручання, середній об’єм інтраопераційної крововтрати, геодинамічні показники та ускладнення. Результати. Середній об’єм інтраопераційної крововтрати у 1-й групі становив (48,7 ± 9,1) мл, у 2-й - (231,3 ± 113,8) мл (р < 0,05), середній рівень метанефрину в сечі до адреналектомії - відповідно (290,9 ± 71,8) та (991,2 ± 703,0) мкг/добу (р < 0,05). Середня тривалість оперативного втручання у пацієнтів 1-ї групи становила (117,7 ± 52,1) хв і була несуттєво меншою порівняно з пацієнтами 2-ї групи - (164,7 ± 57,5) хв (р = 0,133). Гемодинамічну нестабільність спостерігали лише у 5 пацієнтів 2-ї групи. Середні строки лікування після операції пацієнтів 1-ї групи становили (5,9 ± 2,2) дня, 2-ї - (11,3 ± 5,4) дня (p < 0,05). Ускладнення виникли у 2 (12,5%) пацієнтів 2-ї групи. Ніхто із пацієнтів обох груп не помер. Висновки. У пацієнтів з феохромоцитомою наднирника періопераційне лікування із застосуванням мультидисциплінарного підходу є більш безпечним й ефективним та менш тривалим у порівнянні з виконанням тільки ЛА

Efficient pairwise RNA structure prediction and alignment using sequence alignment constraints

BACKGROUND: We are interested in the problem of predicting secondary structure for small sets of homologous RNAs, by incorporating limited comparative sequence information into an RNA folding model. The Sankoff algorithm for simultaneous RNA folding and alignment is a basis for approaches to this problem. There are two open problems in applying a Sankoff algorithm: development of a good unified scoring system for alignment and folding and development of practical heuristics for dealing with the computational complexity of the algorithm. RESULTS: We use probabilistic models (pair stochastic context-free grammars, pairSCFGs) as a unifying framework for scoring pairwise alignment and folding. A constrained version of the pairSCFG structural alignment algorithm was developed which assumes knowledge of a few confidently aligned positions (pins). These pins are selected based on the posterior probabilities of a probabilistic pairwise sequence alignment. CONCLUSION: Pairwise RNA structural alignment improves on structure prediction accuracy relative to single sequence folding. Constraining on alignment is a straightforward method of reducing the runtime and memory requirements of the algorithm. Five practical implementations of the pairwise Sankoff algorithm – this work (Consan), David Mathews' Dynalign, Ian Holmes' Stemloc, Ivo Hofacker's PMcomp, and Jan Gorodkin's FOLDALIGN – have comparable overall performance with different strengths and weaknesses

Six priorities to advance the science and practice of coral reef restoration worldwide

Coral reef restoration is a rapidly growing movement galvanized by the accelerating degradation of the world's tropical coral reefs. The need for concerted and collaborative action focused on the recovery of coral reef ecosystems coalesced in the creation of the Coral Restoration Consortium (CRC) in 2017. In March 2020, the CRC leadership team met for a biennial review of international coral reef restoration efforts and a discussion of perceived knowledge and implementation bottlenecks that may impair scalability and efficacy. Herein we present six priorities wherein the CRC will foster scientific advancement and collaboration to: (1) increase restoration efficiency, focusing on scale and cost-effectiveness of deployment; (2) scale up larval-based coral restoration efforts, emphasizing recruit health, growth, and survival; (3) ensure restoration of threatened coral species proceeds within a population-genetics management context; (4) support a holistic approach to coral reef ecosystem restoration; (5) develop and promote the use of standardized terms and metrics for coral reef restoration; and (6) support coral reef restoration practitioners working in diverse geographic locations. These priorities are not exhaustive nor do we imply that accomplishing these tasks alone will be sufficient to restore coral reefs globally; rather these are topics where we feel the CRC community of practice can make timely and significant contributions to facilitate the growth of coral reef restoration as a practical conservation strategy. The goal for these collective actions is to provide tangible, local-scale advancements in reef condition that offset declines resulting from local and global stressors including climate change

Interpreting short tandem repeat variations in humans using mutational constraint

Identifying regions of the genome that are depleted of mutations can reveal potentially deleterious variants. Short tandem repeats (STRs), also known as microsatellites, are among the largest contributors of de novo mutations in humans. However, per-locus studies of STR mutations have been limited to highly ascertained panels of several dozen loci. Here, we harnessed bioinformatics tools and a novel analytical framework to estimate mutation parameters for each STR in the human genome by correlating STR genotypes with local sequence heterozygosity. We applied our method to obtain robust estimates of the impact of local sequence features on mutation parameters and used this to create a framework for measuring constraint at STRs by comparing observed vs. expected mutation rates. Constraint scores identified known pathogenic variants with early onset effects. Our metric will provide a valuable tool for prioritizing pathogenic STRs in medical genetics studies